A ver, no hay que sustituir ningun .mcr. Creo que lo que debes hacer es:
1º Volver a 3.40 OE, y poner el CWcheat 0.1.7RevC (esto se hace poniendo la carpeta seplugins en el directorio raiz de la psp).
2º Activas el CWcheat (POPS) en el recovery, vas al recovery (encendiendo la consola apretando R) y en plugins activas el CWcheat (POSPS).
3º Inicias el FFVII y cuando aparezcan las letras de Square presiona select para que te aparezca el CWcheat, vas a management y le das a save memory card (o algo así xD).
4º Ahora vuelves a bajar a 3.03 OE, vuelves a activar el plugin del CWcheat si hace falta, inicas el juego y vuelves a darle a select para que aparezca CWcheat, vas a management y ahora le das a LOAD memory card, para cargar la memory que guardaste antes.
Ahora solo has de iniciar la partida guardada, y guardar como lo harias normalmente en el punto "?" de guardado.
Espero que te sirva