Ayuda a compilar un proyecto en java

Buenas me he descargado el código fuente de una aplicación (no están disponibles los binarios), y tengo problemas al compilarla, vamos que no se... La aplicación se divide en un directorio lib/ donde hay una seria de .jar y un src/ que contiene los .java. He probado a compilarlo con Netbeans creando un proyecto y copiando los .java al directorio src/ que crea Netbeans al crear un proyecto, el problema es que las librerías no se donde tengo que ponerlas porque como es normal algunos paquetes no los detecta, ¿cómo lo puedo hacer?,¿sería más facil hacerlo desde la línea de comandos?,¿cómo se haría desde este último método?

Un saludo y gracias
En Netbeans no sé cómo se hará exactamente, pero los .jar tienes que importarlos al proyecto. En Eclipse es en "Configure build path".
Gracias por las respuestas, y perdón coyote no me acordaba de el hilo de java. Por cierto soy un poco corto... al crear un nuevo proyecto, en el icono que te crea de bibliotecas, botón derecho y añadir archivo jar...

Gracias!!
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