A ver. He probado todas las configuraciones posibles y lo que mejor me funciona es escogiendo el MPC-HC internal DXVA decoder.
Es la forma en la que mejor se me ven los mkv grandes en el P4.
Con los demás modos o pega tirones, o se desincroniza el audio o alguna historia.
El único modo que no he probado es el que comenta gamboita, porque leyendo la ayuda del programa, solo es recomendable para gráficas más superiores a la mía, que es una x700 pro.
En cuanto a las extensiones he dejado que se abra todo con el wmp y los mkv, dvds, y blue-rays con el MPC.
Instalando solo el media player classic como dice coyote, no terminan de ir del todo fluidas.
Saludos y gracias por las respuestas.