Valer claro que vale la pena, pero todo depende del uso que le vayas a dar.
¿Vas a jugar a juegos de Game Boy Advance? ¿Te interesa realmente usar el Navegador Opera y en consecuencia otros homebrew que hagan uso de la expansión de memoria? ¿Vas a hacer uso de la vibración, soportada por no demasiados juegos, eso sí?
Si la respuesta es sí a algunas de estas preguntas, entonces sí, merece la pena la expansión 3 in 1. Si por el contrario lo único que te interesa es usar tus backups de NDS, no merece la pena que pagues más por algo que no vas a utilizar.
En cualquier caso siempres puedes adquirir esta expansión de forma separada como yo hice en su momento, ya que compré el EZV en su lanzamiento y aún no existía esta expansión, si la memoria no me falla.