Lamento decírtelo, pero yo he tenido tu mismo problema, es más, lo sigo teniendo. En el 46% me salta tu mismo error, la consola pide que se reinicie, la vuelvo a prender y sale automáticamente el actualizador. Por tanto, teóricamente, la consola ha entrado en una especie de Bucle sin fin. Supongo que esto es lo que te pasó a tí.
Formatear el disco duro no es una buena idea. Quizás hayas ocasionado un problema en el Hardware, pero si es imposible acceder al Recovery la llevas cruda. Yo que tú me habría esperado y preguntado antes de formatearlo
El motivo por el que se te quedó atrancada es simple. La actualización hace un chequeo completo para ver que todo el Hardware esté en condiciones, y al no detectar tu lector, se queda ahí pillada. Es más, el fallo se ubica en el cable flex; ese mismo cable que conecta la controladora con la placa. Bien podrías haber probado a desmontar la Play y enchufarlo mejor, pues puede que se hubiera desenchufado...
Yo he pedido un lector y estoy esperando a que me lo traigan para proseguir con la actualización xD.
Suerte.