Si tienes Homebrew Channel instalado o similares, instalando la oficial te caparía alguna cosilla, pero puedes volver atrás con HC.
Si no tienes HC, no sabes de lo que te estoy hablando y solo te interesa la Wii para usar los DVDs originales o backups para jugar, no pasa nada porque actualices.
Si tu miedo es el chip, no te preocupes, de momento funcionan todos sin problemas en cualquier versión.
Si tienes algun juego trucha y actualizas, te dejaría de funcionar, pero volviendo a hacer una copia 1:1 debería seguir funcionando.