Mira, yo tambien tengo montada la arcade con el coinops, una pasada. No sé si es la solución, pero visionary está descontinuado por el PREMIUM, es el que tengo yo, lo mismo si te actualizas no te pasa el problema, aunque entiendo la pereza.
No sé si en visionary es igual, pero en premium el tema de reescalar la pantalla va bastante limitado, no es como Coinops que te deja ajustar a ti mismo la pantalla. En premium desde los propios menús como mucho le puedes activar una opción, pero por lo que dices no tiene pinta de arreglarse desde el propio emulador.
Yo de tí preguntaría en los foros oficiales, los propios programadores seguro que te pueden dar la solución (si no te vale con resinstalar)