Hola!
esa factura, ¿es de viajes combinados (osea, estancia+viajes+etc), o son vuelos/hoteles pedidos directamente a ellos?
En principio si son viajes combinados, estoy casi seguro que no es necesario el desglose (las agencias de viaje son minoristas, y esos viajes combinados sólo los pueden crear mayoristas y digamos que las agencias hacen de intermediario, pues las mayoristas no pueden vender esos paquetes a particulares). Aun así tu siempre puedes pedir un desglose de la factura. Si la agencia de viajes es un Minorista-mayorista (Ej. Viajes El Corte Inglés, halcón Viajes, etc), tú estás tratando digamos con la parte minorista, así que para el caso es como si tratases con una agencia de viajes (minorista) normal y corriente.
Sin embargo si la factura son varios vuelos cogidos en distintos momentos, u hoteles o tal, tienen que venir desglosado, pues es así como se habrá indicado (o se debería haber indicado) en la contabilidad de la agencia.
Te pego lo siguiente que he encontrado por internet, a ver si te puede ayudar.
Por lo que he podido averiguar la agencia de viajes minorista no esta obligada a hacer factura al cliente fina (a menos que este lo solicite expresamente) si lo que el cliente compra en la minorista es un viaje combinado de una mayorista. O sea quien te compra el viaje no es cliente tuyo, si no que lo es de la mayorista y tu cliente en realidad es la mayorista que es quien realiza una autofactura donde figura tu comision y el IVA de dicha comision. Solo estas obligado hacer factura cuando tu cliente sea una empresa o un profesional que desgravara el IVA de la compra del viaje. Si haces reservas de hotel a traves de mayorista debes aplicar la misma politica. Si haces reservas de hotel directamente con el hotel con unos precios netos a los cuales tu le cargas tu comision si estas obligado a hacerle factura al cliente que te compra la res
Saludos!