@vampynim el script se divide en 3 partes:
1. instalar Boot9
2. Actualizar luma, godmode9 y ponerlos en el ctrnand
3. Inyectar FBI en Salud y seguridad
La línea que comentas está referida a la parte 3, la del FBI, porque no encuentra la carpeta Content en la ruta [1] Sysnand Ctrnand.
Independientemente de que no pudieras realizar su inyección, lo importante para tu problema eran las otras 2 partes previas. Verificame si al iniciar la consola (con y sin sd) sigue apareciendo el error.
En cuanto al intento de volver a realizar el script, al haber hecho el proceso previamente los archivos se han borrado y, al intentar ejecutarlo de nuevo, indica que no se encuentran los archivos necesarios.