Mmm, no sabría decirte... la verdad es que no es normal lo que dices, no sé lo que has hecho...
Además que, para usar el espacio libre del disco duro y crear una partición sin perder datos, basta con situarte encima del disco duro en la barra izquierda (no en la partición), luego en la ventana derecha selecciona particiones, y en panel desplegable donde te pondrá como selecionado "actual" pulsas el + que hay justo debajo y por defecto te creará otra partición usando el espacio libre del disco duro. selecciona el recuadro nuevo que te ha salido en el esquema y ya solo tienes que indicarle el nombre y el sistema de archivos que quieres usar, y por último pulsar en Aplicar para que te haga los cambios.
A partir de ahí sales de la Utilidad de discos y entras en las preferencias de Time Machine para seleccionar la partición que acabas de crear para usarla como copia de seguridad.
No tiene mas misterio...