Los buzones inteligentes al igual que las Listas de reproducción inteligentes son maneras de ORDENAR tus mails de manera que a ti de manera personal y exclusiva en Mail te ayuden a recuperar unos correos con características muy concretas. Creo que en ningún caso interfiere con las configuraciones de los Buzones propiamente dichos, de las cuentas de correo que tengas configuradas. No es que te lo envíe también al buzón principal, es que te lo han mandado a ese buzón y lo que ha hecho Mail ha sido decir, vale este mail contiene estas características, te lo coloco en esta carpeta para que lo tengas a mano sin que tengas que perder la cabeza buscándolo.
