El emulador de pc hace uso de tu tarjeta grafica,la cual puede ser 50 veces mas poderosa que la propia de la PS2,a parte aplica filtros y un mogollon de cosas mas en la emulacion...
Si tienes la consola conectada a un LCD/LED 16:9 lo mejor es que utilizes GSM (Grafic Selector Mode) para subir el reescalado de la imagen hasta 1080i (falsos,pero a veces hace maravillas)
Y que te mires la carga de codigos PNACH (en el foro scene)para aplicar 16:9 a los juegos.