Ruberofobia está baneado por "troll faltón"
Si tienes activadas algunas de las opciones de optimizacion, etc, del codec, mas que posiblemente sea ese el problema...no se si sera tu caso. De ser asi, ya sabes, prueba con de la manera lo mas standard posible... perfil home theater "a pelo" y demas, nada de florituras. A partir de ahi ve probando hasta que el resultado sea de tu gusto, pero sin dejar la "zona standard".
Si eso no diera resultado, prueba (en una maquina virtual, o en otro pc) a codificar usando el codec bajado de la pagina de divx.
Todo esto lo digo porque si hay un codec que no de problemas apenas es el divx 6.X