Para pasar los juegos a la microSD no uses el m3 manager ni nada de eso, copia simplemente los juegos a la carpeta de la microSD que quieras, al ejecutar el juego te dira que no existe el .sav y que si lo quieres crear, di que si y listo.
NOTA:
Los .sav han de estar en la misma carpeta que este el juego en cuestión y llamarse igual que el juego, solo que en vez de extensión .nds es extensión .sav