A ver, el popstation que usé yo es el mismo que el del enlace y me funcionó. Prueba varias cosas:
Primero de todo haz una carpeta llamada Popstation_toc y ponla en el directorio raíz de tu disco duro.
Segundo, en la carpeta debes tener además un archivo llamado base.pbp y otro llamado main.c.
Tercero, cuando vayas a convertir el archivo imagen mete en esa carpeta: el archivo tujuego.ccd, tujuego.img y los archivos icon0.png con los que quieras decorar tu copia.
Ejecuta popstation igual que lo has hecho y espero que te funcione.