Como ni dices el programa que quieres instalar, sólo puedo decirte que sigas el README y el INSTALL que, casi seguro, hay dentro del archivo comprimido.
Y eso de que la mayoría de los programas no están en los repositorios es algo... En fin, me parece algo irreal, no tengo ningún programa instalado que no venga en los repositorios o que no haya un paquete para mi distribución, a excepción de 2 juegos.
Y si quieres más programas, usa Debian, que es el que más paquetes tiene en los repositorios, que yo sepa.