Pues puede ser simplemente porque, por lo que sea, te podría estar activando aceleración pero tener problemas al activar compositing, que es lo que hace falta para los efectos de escritorio y similares. No obstante esto son sólo conjeturas, y lo mejor que puedes hacer tanto en este caso como en todos los relativos a los drivers de vídeo, es arrancar y echarle un buen vistazo al archivo /var/log/Xorg.0.log, buscar el punto en el que cargue el driver correspondiente (comprobar para empezar si carga el driver que deseas), y ver si está soltando algún warning, o algún error que haga que caiga al driver vesa.