@[FaLoPpA] El problema que (creo) tienes ahora mismo, es que el programa que has usado habra usado algun tipo de particion, tabla de archivos o formato que Windows no es capaz de reconocer. De entrada, ya te digo que hacer una 'union' o 'merge' de particiones, lo primero que hace es eliminar (en tu caso) las 2 tablas de archivos anteriores (1 por cada particion que existiera) y se crea una nueva para asignar el contenido que se vaya creando/copiando a la nueva particion. Con esto, se pierde el acceso 'directo' a los archivos, aunque fisicamente esten aun contenidos en el disco (no estan sobreescritos ni borrados).
No conozco el programa que has usado, pero si en algun sitio te da la opcion de explorar el contenido del disco, busca la opcion que te permita copiar todo el contenido a OTRO DISCO DISTINTO , SI O SI, nunca en el mismo. Una vez pudieras conseguir hacer esto (que tampoco pondria la mano en el fuego....), usa Windows para formatear y eliminar todas las particiones, y vueves a crear una nueva desde el propio Windows.
Estas cosas, son las que puede pasar (entre otras muchas) al usar programas externos al propio sistema operativo, cuando éste ya trae integradas sus propias herramientas.
PD: acabas de comprobar por qué TODOS los programas que 'trastean' con particiones y tablas de archivo/arranque SIEMPRE aconsejan hacer antes una copia de todos los datos contenidos en otro soporte distinto.