Y ya checaste que el jumper del HD este en maestro ? igual y lo pusiste en capacidad limitada y ese es el problema del el winhiip que version estas usando yo uso la 1.7.6 y no tengo problemas con ella igual tambien estas escogiendo en el explorador del winhip el HD correcto? no vaya a ser que estes seleccionando otro del pc y le des en la torre a los archivos por querer formatear, de momento son todas las causas que se me ocurren
saludos desde Mexico