Creo que es la explicacion mas "explicativa" que jamas haya oido (es sarcasmo) ya que lo dejaras con mas dudas que soluciones...
NesDS posee unos problemitas (Mañas) que debes conocer antes de hecharle la culpa a todo...
SI posees SCSD en el zip hay un archivo llamado NesDS.BIN unicamente renombralo a nds hechala en tu SD y Listo!! leera todos los archivos NES que tengas en tu tarjeta (como el picodrive o el Snesmul parchados con DLDI's)...
Si posees una card como el M3 o cualquier otra slot 2 como menciona Guille unicamente renombra tu archivo de *.gba *¨.nds...
Para cards slot 1 deberas usar otro procedimiento..Normalmente (en la mayoria de los casos) viene un Readme y un *.bat (make_nds.bat) con instrucciones para crear archivos *.nds compatibles con WiFiMe (para enviarlos desde tu compu a la NDS via inalambrica) obvio que esos archivos los ejecutara cualquier cart que sea slot1 PERO solo aceptara un maximo de tamaño de 4MB (por desgracia no se porque no soporta mas grandes)...Y les recuerdo que para ello deberan tener la NDSTool de Darkfader para este procedimiento...Suerte! No es muy dificil dominarlo...