Si, cuando enciendo la consola me salen los archivos de la SD, el problema creo que esta en el YsMenu, ya que se inicia automáticamente y sale el mensaje que comenté. A su vez, si mantengo presionado el botón b mientras se inicia la consola me deja acceder a los archivos de la SD de forma normal.
También intentando resolverlo por mi cuenta, conseguí el kernel de mi R4 SDHC (la versión 1.34) y se me abré el menú R4 normalmente. Sin embargo también aparece un programa llamado PANDORA R4 que no se exactamente que hace. Además los juegos cuando los inició se quedan bloqueados en una pantalla Blanca.
Tal como yo lo veo puedo usar o el menú de mi R4 o el YsMenu, pero ambos me dan algún problema. Además creo que antes de que se me rompiera mi antigua SD tenía ambos programas, el menu R4 y el YsMenu.
Siento ser tan pesado, agradezco la ayuda que me ofrecéis, pero visto lo visto no se si seria mejor conseguir otra flash card y quitarse de problemas.