Es muy sencillo, hay que utilizar los dos eboot.pbp que antes utilizabamos para hacer el swap, solo que ahora metemos ( x ejemplo) en la carpeta snes% el eboot que usabamos antes en la MS1 y en la carpeta snes el de la MS2, todo en la misma raiz, ( x ejemplo : PSP/GAME/ )
PD: Se recomienda grabar primero todos los emuladores de la carpeta sin el % y luego los de la carpeta % ( los que tienen el launcher) asi luego en el menu de la PSP, todos los emuladores ejecutables apareceran al principio, y todos los no ejecutables ( archivos dañados) al final..
Saludos.