Opción 3 directamente, si tienes la rom en el M3, te la asociará a tu backup en un pis-pas, así de simple.
M3 Man/M3-SAVE(DAT) MANAGER
No obstante si tienes otros SAV y lo quieres asociar a la rom es MUY sencillo de hacer con el Game Manager.
Situate en la ventana donde están las roms, haz click (doble click si es la última versión) sobre la rom a la que quieras asociar o convertir un save.
Se te abrirá el SAVE Manager. Verás en la ventana intermedia el save de la rom con extensión .DAT (es el que está en el cartucho), seleccionalo con un simple click.
Ve entonces a la parte inferior, veras dos ventanas, la de la izquierda es para asociar partidas .SAV al .DAT que acabas de seleccionar. Simplemente pulsa en WRITE, búscala en tu disco duro el .SAV, dale a aceptar y ¡Voila! habrás insertado tu .SAV en el cartucho sobreescribiendo el .DAT que había en él.
Esto es válido tanto para juegos NDS como GBA
Para ahorrate todo esto, usa la opción 3 y listo.
Saludos