Mi recomendación:
Hate un cd normal con cada juego en su carpeta correspondiente. Cada poco tiempo sale una versión nueva del emulador, por lo que tienes que volver a grabar un cd para disfrutar de las novedades.
Con grabar la imagen d enero o de discjuggler nueva, te ahorras complicarte la vida en grabaciones a cambio de hacer un simple cambio de cd.
Saludos