Recuerda que los *.elf son para Wii y los *.dol son para GC.
Yo lo que hago es ponerlo en el Homebrew Launcher, con su sistema de carpetas, iconos y tal... y me va bien, tanto el de pal60 como el pal50, con el cable que me viene de la consola, la consola configurada a PAL60 en panorámico, cambiando el *.elf escribiendolo a boot.elf y todo bien.
Quiza tengas alguna cosa basica metida mal... tienes que tener una carpeta en la SD raíz con el nombre gens, y dentro de esta una de roms y otra de save, metes los juegos de megadrive en el de roms y ale.
Salu2