Esa memoria no se modifica hasta que no formateas el cartucho o hasta que vuelves a grabar en ella.
La opción de "borrar" del ez3manager relamente no la borra. Digamos que sólo la marca para borrar.
Yo lo que hago cuando quiero borrar o reemplazar una es borrar todas junto con sus saves (No admite borrado aleatorio, sólo secuencial) y volver a cargar de nuevo todas excepto la que quería borrar, metiendo de nuevo las saves.
Nunca se me ha dado el caso de querer borrar sólo la última. Es posible (aunque no lo he probado) que funcione el borrar esa rom y pulsar el botón de grabar. Grabará de nuevo todo el cartucho, así que guarda antes las saves.