Lo he solucionado y tambien he descubierto por que falla.
El problema estaba en que al nombre de la rom que debia aparecer en el menu le puse el caracter dos puntos ':' y entonces ni me dejaba leer la rom ni el save, la solucion fue hacer un delete de la rom y entonces hacer un burn, asi no se elimina sino que el nombre con el que te aparece es el nombre que lleva incrustado la rom y al no tener este el caracter dos puntos todo volvio a funcionar correctamente.
Asi que ahora que ya lo se nunca mas volvere a usar dos puntos en los nombres.
P.D: Esto me ha pasado con la version 3.25, no se si en otras versiones sucede.
