Los favoritos se pueden exportar... si abres el Firefox, que no puede
Como te ha dicho 4s|m3tr|ko0, en la carpeta de datos de programa en XP, .firefox en linux o AppData en WVista debes tener algo parecido a bookmarks.html, que es una copia de tus marcadores que podras importar después en firefox. Por otra parte, puedes intentar instalar otra vez firefox sin borrar nada, y te mantendrá todo (extensiones, temas, marcadores, etc).
Y ya como recomendación personal, hay una extension para firefox que se llama foxmarks, y que te sincroniza tus marcadores en un server remoto con lo cual los tendrás ahí siempre actualizados y de paso podrás sincronizarlos en cualquier PC con esa extension. Yo lo uso para tener mis marcadores actualizados en Windows, linux y la cuenta de usuario de la universidad. Te digo esto porque si la tuvieses podías desinstalar sin miedo y luego los sincronizabas y te evitas problemas.
EDITO:
He mirado en Vista y en
C:\Users\Korso\AppData\Roaming\Mozilla\Firefox\Profiles\7h15bzkp.default\bookmarkbackups
tengo varios archivos con extensión JSON, supongo que serán esos.