Piensa que los cambios no se guardan si no se lo dices.
Yo te recomiendo que una vez arranques con el live te hagas chroot en el linux que tienes instalado y sea allí donde hagas los cambios:
sudo grub --> ejecutamos el interprete de comando de grub
> find /boot/grub/stage1 --> busca donde esta la partición
> root (hdX,Y) --> poner el valor devuelto anterior
> setup (hd0) --> instala grub en nuestro primer disco duro (hd0), que es con el que inicia la computadora
> quit --> salimos del interprete de comando de grub
Tb puedes poner grub-install /dev/dhx una vez hayas hecho los cambios. Recuerda cambias las unidades por las tuyas.