Ayuda con hacer ejercicio

Si, ves al médico y comentaselo. No creo que podamos aconsejarte aquí algo sabiendo que tienes una dolencia y como podra afectarte lo que te aconsejemos. Lo normal es que a tu edad, y hasta los 18 más o menos, se tenga mucha resistencia, por lo que 5 km con un poco de entrenamiento se te haría corto en poco tiempo, pero en tu caso mejor no arriesgarse y que el médico te aconseje. Si tu medico es un gilipollas, como mi doctora, y no quiere mojarse el culo, ves a que te hagan una prueba de esfuerzo y un reconocimiento medico deportivo, (en la mayoría de polideportivos municipales los hacen y no valen mucho) para ver que tal estas, y con los resultados ellos podran indicarte mejor que nadie lo que debes y no debes hacer.

Chakal256, gracias por responder.
La cosa es que esta temporada he estado en un equipo de Basket, y la carrera continua no la hacia nunca entera(30 min)Pero luego llegaban los partidos, y los torneos y era el que más aguantaba. Mi médico siempre me dice que puedo hacer ejercicio normal, Pero yo, para más inri, tengo un marcapasos xD

Pues no se, te sigo recomendando la prueba de esfuerzo y lo del médico deportivo, más que nada por que suelen saber más que el médico de cabecera.
Y sobre entrenar, correr es bastante mejor que hacer bici (sobre todo estática que es un coñazo) salvo para las rodillas (por el tema del impacto), pero con unas buenas zapatillas y corriendo en terreno blando y evitando el asfalto no debería haber ningun problema. Por ejemplo, salir a correr todos los días 20 minutos, a un ritmo lígero, que puedas hablar mientras corres sin quedarte asfixiado. En pocas semanas deberías notar una gran mejora, y ya según te veas tu, puedes aumentar el tiempo, la distancia o la caña que le das.
Y abdominales, lo importante es que hagas superiores, inferiores, laterales y lumbares.