Ayuda con iTunes y bibliotecas IPOD/IPHONE

Hola,

Vereis mi novia ha tenido un ligero problema con el tema de las bibliotecas del iTunes y yo he estado mirando pero tampoco he sabido darle una respuesta exacta.
El tema es que tiene un IPOD y un IPHONE y quiere meter musica en ambos pero claro, cada uno con su respectiva biblioteca y no mezclarlos. El problema es que hasta ahora con el IPOD le ha ido genial pero al juntar ahora en el iTunes al IPHONE pues creemos que una biblioteca ha pisado a la otra ya que no le aparece tal y como ella la tenia antes de todo esto....
Ahora cuando conecta el IPOD le dice algo como que para sincronizar se borrara lo que haya actualmente en la memoria del IPOD. Si le dice que "si" se borra todo y claro.... y si le dice que "no" pues no hace nada. Se ha perdido el contenido que hay en el IPOD? (esto es lo que mas le preocupa) Hay alguna manera de volcarlo todo al disco duro y volver a tenerlo bien aseado, con sus caratulas etc... como lo tenia? Como se pueden tener separados de manera independiente y sin problemas las bibliotecas del IPOD y del IPHONE?

Muchisimas gracias y saludos