¿Los dos discos duros están en formato NTFS?
Al menos cuando yo utilizaba linux habitualmente (hace cosa de un año y medio) la mayoría de las distribuciones leían pero no escribían en NTFS salvo que lo activases expresamente, pues podía dar fallos graves que te recomentaban evitar.
Tal vez te interese lo del Live Cd de Windows para trabajar con discos en NTFS.