Pueden ser varias las razones, pero todo apunta a que no se lee a suficiente velocidad del disco duro... puede ser un programa en background, puede ser que se te esté llenando el disco, puede ser que el cd que intentas copiar tiene muchos fichero pequeños...
Yo probaría a medir la velocidad de lectura del disco, con el nero por ejemplo. Y a mirar si algún programa que acabo de instalar me está jodiendo.
Por ejemplo, el MSN Messanger, hace que ciertas aplicaciones funcionen de pena (el Diablo II, sin ir más lejos)
Espero haberte servido de ayuda