Los CHD cambiaron hace unas versiones... no sabría decirte desde cuando... 0.133 o así puede ser. Hay una utilidad para "parchearlos" a la última (chdman), o al menos eso funcionaba con versiones anteriores. Usa el ClrMame para comprobar tus ROMs y CHDs y te dirá los que están chungos.
Si sigue sin ir y la roms y chd son los correctos, prueba con lo que te dice MyoCid... borra el contenido de la carpeta diff.