Eso es porque has borrado el archivo .sav de la carpeta NDSSAVE / GBASAVE y en la memoria interna del M3 aún existen los datos de la partida del juego, pero no encuentra el archivo para escribirla. Eso es porque justo dejaste de jugar al juego y en vez de volver a encender la consola y dejar que se escribiera el save, lo has borrado antes de que se pudiera escribir. El M3 graba las partidas del último juego usado en la tajeta cuando lo inicias de nuevo.
Te habrás dado cuenta ya, pero el mensaje se va iniciando un juego diferente y haciendo su ciclo normal de apagado/guardado.