No, si la tienes flasheada no tiene ningún riesgo y luego la conectas al pc por usb o por el adaptador de tarjetas.
Los juegos se meten en .iso y en .cso (compresión del .iso, que ocupan menos), te recomiendo que actualices como mínimo a la versión 3.71m33, pero yo tengo la 5.00m33-6 que ya lleva una especie de fatsmod.prx integrado, (la última versión que llevó eso integrado fue la 3.71, eso sirve para acelerar los juegos y que no se ralentizen) y que le pongas el irshell en la carpeta Game de PSP.
Ya te daremos más consejos.
Otra cosa, puedes pasar a 5.00m33 con el DC8 (despertar del cementerio 8) o yo con mi slim (la 2000) venía con el 2.60 original, después al trucarla le puse el 3.71m33, el siguiente el 4.01m33, y ahora el 5.00m33 y después al m33-6 (que hace que no se ralentizen los juegos esta última versión, pero tiene un bug (fallo, error), no la arranques sin memory stick. Si quieres después de ponerle el cf le pones el kernel 1.50 si tu psp es fat.