Fijate bien, que antes de limpiar la pantalla y poner el login de usuario tiene que poner claramente que ha puesto el lector en modob. Si no pone eso, es que no lo ha configurado bien para que luego windows lo detecte.
Yo lo que hice (después de intentarlo varias veces) es encender el ordenador, y cuando empieza a poner todo el rollo de la bios, encendí la consola y entonces al cargar el Slax, detectó perfectamente el lector. Cada prueba que hagas debes partir con el PC y la consola apagados. Luego, una vez detectado solo tienes que quitar el CD del Slax y pulsar el botón de reset del PC para que arranque windows normalmente y detecte el lector.