Hola:
Los PAD de Master System / Megadrive van multiplexados, eso quiere decir que varias señales se envían por los mismos hilos, mediante un mulitplexor, que en la consola se de-multiplexan y salen todas las señales originales.
Los MSX siguen la norma Atari, con cuatro direcciones, dos botones de disparo, una señal de masa y otra de +5V (que no usa salvo que añada autodisparo).
No es posible usar un mando multiplexado sobre una máquina norma Atari (ni al contrario), pero si es mas sencillo adaptar un PAD de mega para que se comporte como norma Atari, mientras que tenga todos los hilos de señal en el cable.
Saludos