Cuando actualizas con NSMB no se pierde la posibilidad de volver a instalar bootmii, pero sí te lo desinstala. La solución es fácil: reinstalar bootmii en boot2 y asunto zanjado. De hecho lo más peligroso es la actualización oficial del juego, porque si algo sale mal, el brick es irrecuperable; pero si lo pasas sin problemas, entonces el mayor peligro ha pasado y puedes continuar como si nada.
De hecho, a estas alturas, se recomienda actualizar con el juego para tener el boot2v4 ya actualizado y evitar posibles problemas en un futuro.
Luego, el juego no hace que pierdas nada de la scene (creo), pero si tienes el wiikey, creo que puedes activarle una opción para bloquear las actualizaciones y ejecutarlo normalmente (espero que tengas el original), con su disco de configuración. Además, teniendo el Wiikey 2, creo que ya hay actualización para ese chip para que se salte el BCA directamente.
Si has actualizado con PimpMyWii solamente te falta este paso.
Si en otro orden de cosas, estás intentando jugar con un backup y
no tienes el Wiikey 2 actualizado: si este backup es 1:1 tendrás que usar Neogamma beta 8 r15 con un pequeño archivo .dol que hay por ahí para parchear el BCA al vuelo, o bien hacer tu backup y fixearlo, pudiendo así ejecutarlo desde el canal disco sin mayores problemas.
De todas formas, te remito a:
http://www.elotrolado.net/wiki/Como_cargar_New_Super_Mario_Bros_%28con_o_sin_chip%29Suerte!