/ <--para el sistema operativo
/home/tuusuario/nombredeldirectorioparaalmacenaje <-- para almacenaje, obviamente.
Sobre si deben ser particiones primarias/extendidas:
Linux, al contrario que otros sistemas operativos, es muy flexible en ese aspecto y puede instalarse tanto en una partición primaria como en una lógica.
Así que la única regla que debes tener en cuenta es que los discos duros (al menos los IDE) tienen un número máximo de particiones primarias (4, si no recuerdo mal).
Una solución muy común sería crear una partición primaria para instalar el sistema operativo y una partición extendida que, a su vez, está compuesta de varias particiones lógicas.
Dicho así parece un lío pero es más fácil verlo con el propio instalador delante.