1- Seguramente te refieras a hacer un script, tienes qeu meter los comandos que usas en un archivo de la forma:
#!/bin/bash
comandos...
Luego guardas el archivo y escribes en la consola "chmod a+x archivo" para darle permisos de ejecución y lo pones en /usr/bin por ejemplo. Para que al inicio se ejecute es fácil hacerlo pero ahora mismo no lo recuerdo en ubuntu como se hace, así que mejor búscalo por google poniendo "script inicio ubuntu" o algo parecido.
2- Para actualizar firefox haz un "aptitude update" frecuentemente y cuando lo actualicen en los repositorios se te actualizará solo, si aun asé quieres usar la última versión, en lo que te has bajado seguramente haya un archivo que se llama firefox-bin que es el firefox en sí y no necesitas ni instalarlo ni nada. Para "sobreescribir" el otro que tenías hazte otro script como el de antes en el que simplemente ponga la ruta de firefox-bin, le pones de nombre "firefox" y fuera.