Pues eso, después de hacer la selección de la zona que quieres limpiar, seleccionas la miniatura de la capa haciendo clic en el recuadradito blanco correspondiente a cada capa (los que están en la zona que indico con el marco rojo). Luego pulsas la tecla suprimir del teclado y se borra toda la zona que seleccionaste anteriormente, pero asegúrate de que el color de fondo que tengas configurado en el programa sea el negro que pone por defecto.