Todo lo que puedas jugar en One, juégalo en One. Honestamente, la consola ofrece mejores gráficos y rendimiento en los juegos que comentas, y además no desgastas tanto el lector de WiiU al tenerlos en digital en la otra. El Rayman, por tener un control más original, yo me le quedaba físico para WiiU, ya que estuvo pensado originalmente para esa consola.
Y sobre la N3DS, quédate con la que te parezca más bonita y cómoda. Yo prefiero pantalla grande, pero puede no ser tu caso. O quédate las dos por si una se rompiese en un futuro.