Buenas compañero, no estoy seguro de cual es exactamente tu problema porque no se si es lo mismo que me pasó a mi, pero la última vez que actualicé me pasó eso mismo y buscando por ahí lo que hice fue bajarme un programa de la propia página que metiéndolo en una nds que no estuviese actualizada y lo ejecutabas y luego ya podías meterle el kernel nuevo. La historia es que en la última actualización nintendo cambiaba la velocidad del reloj o algo así de los juegos y por eso luego ya no leía nada porque tu nintendo lee una velocidad del reloj que no es la que tiene tu flash card, pero de todas formas ten cuidado que el programa no se podía usar con todas.
Espero haberte sido de ayuda para que por lo menos puedas empezar a buscar información, ami me pasó ahce mucho y ya no me acuerdo exactamente de todos los pasos. Un saludo!!