Prueba a hacer lo siguiente:
1 - Apaga el disco duro y la wii.
2 - Conecta el disco duro.
3 - Enciende la wii.
4 - Enciende el disco duro.
5 - Entra en el USB Loader.
Así debería reconocerte el HDD sin problemas. Ya he visto esto en alguna caja Conceptronic. No sé si es que tienen controladoras especialitas o qué, pero son caras a rabiar, bien que podían ser más compatibles...