Has probado ahora que tienes puesto el chip, con el hd de 40gb? Si este te sigue funcionando correctamente es que el problema es del hd nuevo. La verdad es que parece un poco raro, pero podría tener que ver con la bios. Ya con el chip has probado también a flashearlo con una bios vga? Si usas ésta es por que tienes un monitor, es así? Ten cuidado del tamaño que tiene la bios.
En cualquier caso, yo te diría que hicieras una copia de la eeprom por si acaso .
Saludos