Lo de la SCENE te lo decía por que imaginaba que para hacer tal cosa tendrías que correr un homebrew en la PS3, y para eso tiene que estar modificada.
Pero por como lo dices también se me ocurre que te refieras a otras dos formas distintas:
1- Para cambiar la config de botones del mando usándolo en el PC para jugar a juegos de PC.
2- Algún programa de PC que te permite intercambiar la funcionalidad de botones en el mando y luego usarlo en ese modo en la PS3.
En ninguno de esos casos te puedo ayudar, pues no tengo ni zorra idea de como hacerlo, pero sigo pensando que, para cualquiera de esos supuestos, en SCENE posiblemente te asesorarán mejor.
Suerte y no te olvides de postear el como lo hiciste si es que lo consigues!