El DK64 prueba con Glide64, va bastante mejor para este juego (y la verdad es que en bastantes más juegos). Otra cosa que notarás que no va muy bien es el tema de las pruebas con tiempo, pues este se mueve más rápido que el original, haciendo imposible conseguir algunas bananas. La solucion está en la configuración de la ROM (botón derecho sobre la ROM y pulsar en "Editar configuración del juego"). Para que funcione, ponle un VI Refresh Rate de 1500 y desactiva el Fixed Audio Timing y el Sync using Audio, con eso pasará a ir normal.
Respecto a lo de Majora's prueba a ver si con Glide64 se soluciona, pero lo de las texturas ni idea de cómo funciona con este. Del emulador, yo uso la 2.1, una vez configurada no me va tan mal la verdad, aunque conservo también la 1.7 por si acaso.
Un saludo.