Hola amigo,
A mi me paso algo parecido hace unas semanas y consegui solucionarlo formateando la DS Linker con un
un programita que se llama "SDFormatter V2.0", que sirve para formatear tarjetas SD.
Una vez que consegui formatearla en condiciones, le volvi a meter los archivos propios de la tarjeta (ya sabes,
xmenu, udisk, etc.) y volvio a rular.
De todas formas, echale un vistazo a la Wiki que tambien te explican como formatear con una combinacion de teclas.