Prueba a sacar algun archivo manualmente, al ser una compilacion (como un zip) al principio del archivo debe tener indicados los nombres de lo archivos en los que se indicaran si offset y son longitud o tamaño, vas a ese offset, coges dicha longitud, y ahi tienes tu archivo, puede no funcionar, puede que la "lista" este incluso en el arm9 y que la lea de alli pero que busque en el romfile.bin, todo sea ponerse he investigarlo.